Agro EDI Europe est gérée par un Conseil d’Administration composé de 9 administrateurs maximum représentant le collège des membres fondateurs et celui des autres membres. Ils sont élus en Assemblée générale et renouvelés par tiers tous les ans pour le collège des autres membres. Des membres invités peuvent prendre part aux séances du conseil d’administration.

La présidence de l’association est assurée par un administrateur. Il est nommé par le conseil d’administration sur proposition du collège des membres fondateurs.